Po pierwszym rozbiorze Polski ziemia jasielska, a wraz z nią Kołaczyce, przeszły pod panowanie austriackie. Rząd austriacki zniósł opactwo w Tyńcu. Zasadniczo pierwszy rozbiór Polski nie wniósł w życie gospodarcze Kołaczyc poważniejszych zmian. Regres w jego rozwoju wprowadziły dopiero walki konfederatów barskich z Rosją.

W 1799 roku Kołaczyce zostały wraz z innymi wsiami sprzedane za 80 000 florenów 59 koron Karolowi Ederowi, Janowi dwojga imion Jakubowi baronowi Boesnerowi i Friesowi. Towarzystwo to następnie odsprzedało Kołaczyce i Nawsie wraz z innymi wsiami Achillesowi Johannotowi za 80000 zł w 1811 roku. W ten sposób Kołaczyce stały się miastem prywatnym. Wielkie wydarzenia historyczne, jak powstanie listopadowe, powstanie chłopskie Jakuba Szeli, powstanie styczniowe, nie przeszły bez echa przez teren Kołaczyc.

W roku 1848 w Jaśle utworzono Radę Narodową dla całego obwodu jasielskiego. Do Rady wchodził też mieszkaniec Kołaczyc - Niezgoda. Najwięcej z Wiosny Ludów skorzystali chłopi, którzy 15 maja 1848 roku przestali odrabiać pańszczyznę. Gdy wybuchło powstanie styczniowe, nie brakło w nim również mieszkańców Kołaczyc. Dwunastu ochotników przedarło się przez granicę, aby brać udział w walkach. W połowie XIX wieku nawiedziła tutejsze tereny ostatnia w południowej Polsce epidemia cholery. Przyczyną zarazy był głód spowodowany klęskami żywiołowymi, nieurodzajnymi latami, wylewami rzek, pomorem inwentarza. Do dnia dzisiejszego w Kołaczycach i okolicach znajdują się choleryczne cmentarze. 

Po przegranej wojnie z Prusami, Austria przekształciła się w monarchię dualistyczną (austro - węgierską). Dla Polaków ustanowiono Sejm Krajowy we Lwowie. Do szkolnictwa, urzędów i sądów wprowadzono język polski. Kołaczyce w tym czasie utraciły znaczenie na rzecz Jasła i Frysztaka, które to miejscowości otrzymały połączenie kolejowe z Rzeszowem. W tym czasie w Kołaczycach prowadzono wiercenia w celu poszukiwania ropy naftowej, lecz niestety na jej złoża nie natrafiono. Liczba mieszkańców Kołaczyc wykazuje w drugiej połowie XIX wieku tendencje spadkowe. Przyczyną tego jest emigracja do Ameryki. Wyjeżdżała przeważnie ludność utrzymująca się z rolnictwa. Od 1963 roku zaczęli osiadać w Kołaczycach Żydzi, którzy do tego roku nie mieli do miasteczka wstępu ze względu na panujące nastroje antysemickie. Na początku XIX wieku była już w Kołaczycach straż ogniowa, poczta, telegraf, lekarz i apteka. W 1903 roku zaczęto budowę nowego kościoła. Podczas I wojny światowej Kołaczyce były terenem ciągłych przemarszów wojsk rosyjskich. Zatrzymywały się one w miasteczku, zajmowały ważniejsze budynki, rekwirowały żywność i paszę dla koni.

W 1915 roku Kołaczyce pozostawały w rękach Rosjan. Budynek szkolny zamieniono na szpital. Najwięcej wojsk rosyjskich przeszło przez Kołaczyce w marcu i kwietniu 1915 roku. 2 maja 1915 roku zaczęła się pod Gorlicami niemiecko - austriacka ofensywa przeciw Rosjanom. Wojska powoli przemieściły się w kierunku Kołaczyc. Od pocisków armatnich spaliły się 42 budynki, pożar zniszczył częściowo budynek szkolny. Została uszkodzona również wieża kościelna, pięć witraży i dach na kaplicy. W wyniku I wojny światowej na jej różnych frontach zginęło 34 mieszkańców Kołaczyc.